Частота обслуживания СБО зависит от интенсивности использования. Чаще всего это происходит 1 раз в год, но если устройство небольшое, а количество человек проживает больше, чем предполагалось при строительстве сооружения, то потребуется проводить профилактику раз в 3-6 месяцев. Происходит это следующим образом: откачивается примерно по 20% мертвого ила из камер, промываются все шланги, форсунки и аэролифты, удаляются не переработанные отходы (ткань, остатки овощей и фруктов), засыпаются химия и бактерии. При сезонном проживании в загородном доме, на зиму требуется законсервировать биостанцию, сделать утепление или лучше вовсе не отключать, если такая возможность есть.